В японском языке это слово имеет следующую этимологию: о (お) (уважительный префикс) + таку (宅) (дом, жилище). Дословно означает «ваш дом».

Впервые в качестве термина это слово появилось в цикле статей «Исследование „отаку“» (яп. 『おたく』の研究 Отаку но кэнкю:) эссэиста Накамори Акио. Цикл публиковался в журнале «Манга бурикко» (яп. 漫画ブリッコ) в период с июня по декабрь 1983 года, и в названии было использовано слово, которым, по наблюдениям Накамори, чаще всего называли друг друга представители субкультуры.

Изначально слово использовалось для обозначения себе подобных среди фотографов-любителей — фотографы в глазах других людей были социофобами, затворниками, фанатиками своего хобби, и постепенно слово «отаку» получило негативное значение: затворник, фанатик. Обычно отаку — это молодой человек, который живёт дома, на работу не ходит, общается всего с 2—3 людьми не из своей «тусовки»; в дальнейшем у него могут развиться навязчивые идеи. Ещё более негативным слово стало после того, как арестованный в 1993 году Цутому Миядзаки (серийный убийца, насиловавший детей), сказал, что это было его хобби.

В японской речи также существуют обороты «пасокон отаку» (по отношению к помешанным на персональных компьютерах), «гэйму отаку» (к играющим в видеоигры) и отаку как экстремальные фанаты идолов — разрекламированных певцов. Это слово чрезвычайно распространено и в английском уже стало литературным, и сейчас используется для обозначения поклонников в целом: музыкальных отаку, отаку боевых искусств, и т. п.

Слово «отаку» в Японии имеет сильно негативную окраску; называть так собеседника невежливо, если только он сам себя так не называет. Однако в других странах фанаты аниме и манги часто называют себя «отаку», понимая под этим отнюдь не помешанного фаната, а лишь преданного поклонника. Однако и там встречаются поклонники аниме, знающие о японском значении этого слова и потому не любящие, чтобы их называли «отаку».

Близкое по смыслу слово, которое употребляется только в России, анимешник — поклонник аниме и/или манги, но не фанат!